| 草本名 | 科名 | 花の色 | 六甲山系での分布密度 ◎：非常に多い ○：多い △：所々 ▲：稀 ×：自生せず |
| ヤクシソウ | キク科 | ○ | |
| ヤナギハナガサ | クマツヅラ科 | △ | |
| ヤハズソウ | マメ科 | △ | |
| ヤブガラシ | ブドウ科 | ○ | |
| ヤブカンゾウ | ユリ科 | △ | |
| ヤブジラミ | セリ科 | ○ | |
| ヤブタバコ | キク科 | ○ | |
| ヤブタビラコ | キク科 | ◎ | |
| ヤブツルアズキ | マメ科 | △ | |
| ヤブニンジン | セリ科 | △ | |
| ヤブヘビイチゴ | バラ科 | ○ | |
| ヤブマメ | マメ科 | △ | |
| ヤブラン | ユリ科 | ○ | |
| ヤマアイ | トウダイグサ科 | ▲ | |
| ヤマウド | ウコギ科 | ○ | |
| ヤマサギソウ | ラン科 | ▲ | |
| ヤマジノホトトギス | ユリ科 | △ | |
| ヤマトウバナ | シソ科 | △ | |
| ヤマトキソウ | ラン科 | ▲ | |
| ヤマニガナ | キク科 | △ | |
| ヤマネコノメソウ | ユキノシタ科 | ▲ | |
| ヤマノイモ | ヤマノイモ科 | ○ | |
| ヤマハタザオ | アブラナ科 | ▲ | |
| ヤマハッカ | シソ科 | △ | |
| ヤマホロシ | ナス科 | ▲ | |
| ヤマラッキョウ | ユリ科 | ▲ | |
| ヤマルリソウ | ムラサキ科 | ▲ | |
| ヤエザキオオハンゴンソウ | キク科 | ▲ | |
| ユウガギク | キク科 | △ | |
| ユウスゲ | ユリ科 | ▲ | |
| ユキザサ | ユリ科 | ▲ | |
| ユキノシタ | ユキノシタ科 | △ | |
| ユキワリイチゲ | キンポウゲ科 | × | |
| ヨウシュヤマゴボウ | ヤマゴボウ科 | ○ | |
| ヨシノアザミ | キク科 | ○ | |
| ヨメナ | キク科 | △ | |
| ラショウモンカズラ | シソ科 | ▲ | |
| リュウノウギク | キク科 | △ | |
| リンドウ | リンドウ科 | △ | |
| レモンエゴマ | シソ科 | △ | |
| ワサビ | アブナラ科 | ▲ | |
| ワルビナス | ナス科 | ○ | |
| ワレモコウ | バラ科 | △ | |
| ユウスゲ | ユリ科 | ▲ | |
| ユキワリイチゲ | キンポウゲ科 | ▲ | |
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